O principal objetivo da Licenciatura em Bioengenharia é o de preparar recursos humanos com capacidade para abordarem de uma forma multidisciplinar problemas de biomedicina e de biotecnologia industrial sob as perspetivas da engenharia dos dispositivos,de processos e da engenharia molecular,promovendo a capacidade de compreensão sistemática num domínio específico. Pretende-se que os graduados sejam capazes de manipular,operar e manter sistemas e serviços em domínios específicos da Bioengenharia. Pretende-se também assegurar que os estudantes tenham contato experimental com técnicas de investigação,por forma a desenvolver a curiosidade/interesse pela realização de investigação científica de alto nível de carácter fundamental e/ou aplicado,segundo os parâmetros de qualidade e padrões éticos internacionalmente aceites.Nos objetivos de formação do plano de estudos incluem-se também o desenvolvimento de competências para realização de trabalho em grupo para a comunicação com os seus pares e com a comunidade académica e empresarial.

Os licenciados devem ser capazes de conceber, projetar, implementar e operar sistemas complexos, geradores de valor acrescentado, num contexto de sustentabilidade ambiental e social, e de ética profissional e social. Acresce uma formação cívica integral,com formação extracurricular. Os estudantes devem adquirir capacidades e atitudes que lhes proporcionem, o desempenho desejável em trabalho de grupo em ambientes multiculturais e multidisciplinares, na inovação, e como agentes de mudança.Os objetivos da aprendizagem da L.BIO foram desenhados tendo por base os referenciais CDIO e EUR-ACE.

Os descritores CDIO visam a aquisição de proficiência em: ciências básicas; ciências da engenharia; tecnologias da sua área de formação; gestão de projeto, implementação e operação de sistemas; capacidades e atitudes interpessoais e profissionais;e conceção, projeto, operação de sistemas na empresa e no contexto social. Estes descritores estão já adaptados às exigências da acreditação nos EUA pelo ABET.