O curso de Mestrado em Engenharia Biomédica cobre um vasto leque de domínios da Engenharia Biomédica e destina-se a satisfazer a procura de formação especializada por parte  de licenciados em Engenharia, Matemática, Física, Química, e cursos afins, interessados numa atividade destacada em termos científicos e técnicos, exercida em instituições e em empresas do sector da Saúde.

Como exemplos de saídas profissionais apontam-se: empresas de equipamento e instrumentação médica; empresas de material farmacêutico; hospitais, nas áreas de física hospitalar, engenharia clínica e manutenção de equipamento; laboratórios de investigação e desenvolvimento de grandes empresas; indústria farmacêutica e de análises; laboratórios de faculdades de medicina, universidades e organismos estatais; empresas de biomateriais e empresas ligadas à área da saúde.